Unabhängig vom Subtyp des Sanfilippo-Syndroms zeigen Kinder zu Beginn eine weitgehend normale Entwicklung, in der sie sich vermeintlich nicht von gesunden Kindern unterscheiden, was die anschließende Diagnose umso niederschmetternder für die Eltern macht. Vom 2. bis zum 6. Lebensjahr werden die ersten Symptome im Regelfall offensichtlich, wobei Verhaltensauffälligkeiten, Schlafstörungen und beginnende Entwicklungsverzögerungen die ersten Symptome sind, die auf das Sanfilippo-Syndrom hinweisen. Da jedoch diese Symptome als recht unspezifisch eingestuft werden können und sich auch gesunde Kinder zu einem gewissen Ausmaß individuell in ihrem eigenen Tempo entwickeln, ist eine Diagnose im Kleinkindalter recht unwahrscheinlich. Typische Fehldiagnosen sind beispielsweise Autismus, idiopathische Entwicklungsverzögerung oder Aufmerksamkeitsdefizit-Hyperaktivitätsstörung (ADHS).

Die zweite Phase des Morbus Sanfilippo ist geprägt vom progressiven Sprachverlust, wobei die überwiegende Mehrheit der Kinder im Alter von fünf bis sechs Jahren vom kompletten Verlust des Sprachvermögens betroffen ist. Ferner treten gravierende Schlafprobleme, Schwerhörigkeit und auch epileptische Anfälle in unregelmäßigen Abständen auf. Im Laufe der Zeit gewinnen auch bestimmte Gesichtsmerkmale an Ausprägung, wobei sich Sanfilippo-Kinder durch viele Haare, prominente Augenbrauen, eine große Nase, volle Lippen sowie eine auffällig hervorstehende Stirn auszeichnen. Im dritten Stadium haben die Kinder vermehrt mit Schluckstörungen zu kämpfen und werden immer unsicherer auf den Beinen, bis sie ihre Mobilität komplett verlieren. Die meisten Kinder sterben vor dem 20. Lebensjahr, wobei eine häufige Todesursache eine Aspirationspneumonie ist.

Obwohl das Sanfilippo-Syndrom nun schon vor mehr als 50 Jahren das erste Mal beschrieben wurde, ist aktuell keine Therapie bekannt, die die Kinder vor der langsamen neurologischen Degeneration retten könnte. Dennoch gibt es vielversprechende Studien, die bereits Wirkstoffe bei Sanfilippo-Kindern eingesetzt haben. So hat sich ein Ärzteteam der Kinderklinik Columbia Adenoviren zur Bekämpfung des Sanfilippo-Syndroms Typ A zu Nutze gemacht. Dabei wurden nicht replizierbare adenoassoziierte Vektoren, welche über das funktionierende Gen für den Heparansulfatabbau verfügen, in das Telencephalon injiziert. Das Ziel besteht darin, dass die Nervenzellen von den Adenoviren infiziert werden und dadurch ebenso über den funktionierenden Genabschnitt verfügen, um das Enzym Heparansulfamidase aufbauen zu können.

Erste Ergebnisse konnten zeigen, dass die Wirkung nicht nur mit höherer Dosis zunimmt, sondern ebenso das Alter der Studienteilnehmerinnen und Studienteilnehmer entscheidend ist. Kinder, bei denen die Erkrankung bereits im Kleinkindalter erfolgreich diagnostiziert wurde, konnten besser von der Therapie profitieren und zeigten auch zwei Jahre nach der Injektion gleiche kognitive Fähigkeiten wie nicht-erkrankte Kinder. Weiters konnten die erhöhten Heparansulfatwerte im Blut, Liquor sowie Urin erheblich gesenkt werden. Ein weiterer Ansatz zur Bekämpfung des Sanfilippo-Syndroms, den das Labor „LA Biomed“ in Kalifornien verfolgt, ist der Einsatz von CRISPR-Cas9. CRISPR-Cas9 könnte das Genom der neuronalen Stammzellen der erkrankten Kinder so zuschneiden, dass das fehlende Enzym aufgebaut werden kann, wobei diese Idee erst in den Anfangsstadien und dementsprechend noch weit von der endgültigen Umsetzung entfernt ist.